Biopython có phải là một mô-đun không?

cho người thiếu kiên nhẫn

Python bao gồm hệ thống quản lý gói “pip” cho phép bạn cài đặt Biopython [và phần phụ thuộc của nó là NumPy nếu cần], nâng cấp hoặc gỡ cài đặt chỉ bằng một lệnh đầu cuối

pip install biopython
pip install --upgrade biopython
pip uninstall biopython

Kể từ Biopython 1. 70, chúng tôi đã cung cấp các gói bánh xe nhị phân được biên dịch sẵn trên PyPI cho Linux, Mac OS X và Windows. Điều này có nghĩa là cài đặt pip phải nhanh chóng và không yêu cầu trình biên dịch

Là nhà phát triển hoặc người đóng góp tiềm năng, bạn có thể muốn tự mình tải xuống, xây dựng và cài đặt Biopython. Điều này được mô tả dưới đây

Yêu cầu Python

Chúng tôi hiện khuyên bạn nên sử dụng Python 3. 10 từ http. //www. con trăn. tổ chức

Biopython hiện được hỗ trợ và thử nghiệm trên các triển khai Python sau

Phụ thuộc tùy chọn

Biopython yêu cầu NumPy [xem http. //www. cục mịch. org] sẽ được cài đặt tự động nếu bạn cài đặt Biopython bằng pip [xem bên dưới để tự biên dịch Biopython]

Tùy thuộc vào phần nào của Biopython mà bạn định sử dụng, có một số phần phụ thuộc Python tùy chọn khác, có thể được cài đặt sau nếu cần

Ngoài ra, có một số công cụ hữu ích của bên thứ ba mà bạn có thể muốn cài đặt như NCBI BLAST, EMBOSS hoặc ClustalW độc lập

Cài đặt từ nguồn

Chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng bánh xe nhị phân được biên dịch sẵn có sẵn trên PyPI bằng cách sử dụng

pip install biopython

Tuy nhiên, nếu bạn cần tự biên dịch Biopython, những điều sau đây được yêu cầu tại thời điểm biên dịch

• Python bao gồm các tệp tiêu đề phát triển như python. h, trên Linux thường không được cài đặt theo mặc định [thử tìm và cài đặt gói có tên python-dev hoặc python-devel cũng như gói python]

• Trình biên dịch C thích hợp cho phiên bản Python của bạn, ví dụ GCC trên Linux, MSVC trên Windows. Đối với Mac OS X, hoặc như hiện tại là macOS, hãy sử dụng các công cụ dòng lệnh của Apple, có thể được cài đặt bằng lệnh đầu cuối

  xcode-select --install

  Điều này sẽ đề nghị cài đặt bộ phát triển XCode của Apple - bạn có thể, nhưng không cần thiết và chiếm nhiều dung lượng ổ đĩa

Sau đó, tải xuống và giải nén mã nguồn của chúng tôi hoặc tìm nạp nó bằng git. Bây giờ hãy thay đổi thư mục thành thư mục mã nguồn Biopython và chạy

pip install -e .
python setup.py test
sudo python setup.py install

Thay thế python bằng phiên bản cụ thể của bạn nếu được yêu cầu, ví dụ: python3 hoặc pypy3

Để loại trừ các kiểm tra yêu cầu kết nối internet [và có thể mất nhiều thời gian], hãy sử dụng tùy chọn --offline

python setup.py test --offline

Nếu bạn cần thực hiện cấu hình bổ sung, e. g. thay đổi tiền tố thư mục cài đặt, vui lòng nhập thiết lập python. py

thử nghiệm

Biopython bao gồm một bộ kiểm tra hồi quy để kiểm tra xem mọi thứ có chạy chính xác không. Để chạy thử nghiệm, hãy chuyển đến thư mục mã nguồn biopython và nhập

pip install -e .
python setup.py test

Nếu bạn muốn bỏ qua các bài kiểm tra trực tuyến [được khuyến nghị khi thực hiện kiểm tra lặp lại], hãy sử dụng

python setup.py test --offline

Đừng hoảng sợ nếu bạn thấy thông báo cảnh báo về các bài kiểm tra bị bỏ qua

test_DocSQL .. skipping. Install MySQLdb if you want to use Bio.DocSQL.

Điều này rất có thể có nghĩa là một gói chưa được cài đặt. Bạn có thể bỏ qua điều này nếu nó xảy ra trong quá trình kiểm tra mô-đun mà bạn không định sử dụng. Nếu bạn muốn sử dụng mô-đun đó, vui lòng cài đặt phần phụ thuộc cần thiết và chạy lại các bài kiểm tra

Một số thử nghiệm có thể không thành công do sự cố mạng, điều này thường do ngẫu nhiên hoặc do dịch vụ ngừng hoạt động. Nếu sự cố không biến mất khi chạy lại các bài kiểm tra, bạn có thể sử dụng tùy chọn --offline

Có thêm thông tin thử nghiệm trong Hướng dẫn Biopython và Sách dạy nấu ăn

mã thử nghiệm

Trăn sinh học 1. 61 đã giới thiệu một cảnh báo mới, Bio. BiopythonExperimentalWarning, được sử dụng để đánh dấu bất kỳ mã thử nghiệm nào có trong các bản phát hành Biopython ổn định khác. Mã mức 'beta' như vậy đã sẵn sàng để thử nghiệm rộng rãi hơn, nhưng vẫn có khả năng thay đổi và chỉ những người dùng sớm mới nên thử để đưa ra phản hồi qua danh sách gửi thư biopython-dev

Chúng tôi hy vọng mã thử nghiệm như vậy sẽ đạt đến trạng thái ổn định trong một hoặc hai bản phát hành, tại thời điểm đó, các chính sách thông thường của chúng tôi về việc cố gắng duy trì khả năng tương thích ngược sẽ được áp dụng

lỗi

Trong khi chúng tôi cố gắng vận chuyển một gói mạnh mẽ, các lỗi chắc chắn sẽ xuất hiện. Nếu bạn gặp sự cố có thể do lỗi trong Biopython gây ra, có thể lỗi đã được xác định. Cập nhật lên bản phát hành mới nhất nếu bạn chưa sử dụng và thử lại. Nếu sự cố vẫn tiếp diễn, vui lòng tìm kiếm cơ sở dữ liệu lỗi và danh sách gửi thư của chúng tôi để xem sự cố đã được báo cáo chưa [và hy vọng đã được khắc phục] và nếu không, vui lòng báo cáo lỗi. Chúng tôi không thể khắc phục sự cố mà chúng tôi không biết;]

Người tìm bệnh. https. //github. com/biopython/biopython/vấn đề

Nếu bạn nghi ngờ vấn đề nằm trong trình phân tích cú pháp, có khả năng định dạng dữ liệu đã thay đổi và làm hỏng mã phân tích cú pháp. [Các định dạng BLAST và GenBank văn bản dường như đặc biệt dễ vỡ. ] Do đó, mã phân tích cú pháp trong Biopython đôi khi được cập nhật nhanh hơn chúng ta có thể xây dựng các bản phát hành Biopython. Bạn có thể lấy trình phân tích cú pháp gần đây nhất bằng cách kéo các tệp có liên quan [e. g. những cái trong Bio. SeqIO hoặc Bio. Blast] từ kho lưu trữ git của chúng tôi. Tuy nhiên, hãy cẩn thận khi thực hiện việc này, vì mã trong github không được kiểm tra kỹ lưỡng như mã đã phát hành và có thể chứa các phần phụ thuộc mới

Trong bất kỳ báo cáo lỗi, xin vui lòng cho chúng tôi biết

1. Bạn đang sử dụng hệ điều hành và phần cứng nào [32 bit hoặc 64 bit]

2. Phiên bản Python

3. Phiên bản Biopython [hoặc git commit/date]

4. Traceback xảy ra [thông báo lỗi đầy đủ]

Và cũng lý tưởng

1. Mã ví dụ bị hỏng

2. Tệp dữ liệu gây ra sự cố

Đóng góp, Báo lỗi

Biopython được điều hành bởi các tình nguyện viên từ khắp nơi trên thế giới, với nhiều loại nền tảng. Chúng tôi luôn tìm kiếm những người quan tâm đến việc trợ giúp phát triển mã, quản lý trang web, viết tài liệu, quản trị kỹ thuật và bất kỳ điều gì khác phát sinh

Nếu bạn muốn đóng góp, trước tiên vui lòng đọc ĐÓNG GÓP. đầu tiên tại đây, hãy truy cập trang web của chúng tôi http. // sinh học. org và tham gia danh sách gửi thư của chúng tôi. http. // sinh học. org/wiki/Mailing_lists

Cơ cấu phân phối

• ĐỌC. đầu tiên - Tập tin này

• TIN TỨC. đầu tiên – Ghi chú phát hành và tin tức

• GIẤY PHÉP. đầu tiên – Bạn có thể làm gì với mã

• ĐÓNG GÓP. đầu tiên – Danh sách [không đầy đủ] những người đã giúp đỡ Biopython bằng cách này hay cách khác

• ĐÓNG GÓP. đầu tiên – Tổng quan về cách đóng góp cho Biopython

• KHÔNG DÙNG. đầu tiên – Chứa thông tin về các mô-đun trong Biopython đã bị xóa hoặc không còn được khuyến nghị sử dụng và cách cập nhật mã sử dụng các mô-đun đó

  Biopython có phải là một gói không?

  Gói Biopython là phần mềm mã nguồn mở được cung cấp theo các điều khoản hào phóng.

  Sự khác biệt giữa Python và Biopython là gì?

  Một đối tượng Biopython Seq tương tự như một chuỗi Python ở nhiều khía cạnh. nó hỗ trợ ký hiệu lát Python, có thể được nối với các chuỗi khác và không thay đổi . Ngoài ra, nó bao gồm các phương pháp cụ thể theo trình tự và chỉ định bảng chữ cái sinh học cụ thể được sử dụng.

  Biopython trong tin sinh học là gì?

  Biopython là giao diện lập trình ứng dụng [API] nguồn mở lớn được sử dụng trong cả phát triển phần mềm tin sinh học và trong các tập lệnh hàng ngày cho các tác vụ tin sinh học thông thường . Trang chủ www. trăn sinh học. org cung cấp quyền truy cập vào mã nguồn, tài liệu và danh sách gửi thư.

  Biopython có sử dụng NumPy không?

  Bản phát hành cũ. Các bản phát hành gần đây của Biopython yêu cầu NumPy [chứ không phải Numeric].