Tiền thân của trường THCS Hồ Tùng Mậu hôm nay là trường cấp II dân lập Hồ Tùng Mậu thành lập cuối năm 1951 đóng tại chùa E Sơn Trung. Sơ khai trường chỉ có ba lớp và khoảng 150 HS. Do thầy Hồ Hữu Ước [quê Sơn Bằng]làm hiệu trưởng được một năm và sau đó thầy Nguyễn Hửu Cự [quê Sơn Ninh] làm hiệu trưởng cho đến năm 1954. Trường đã có nhiều thành tích đáng kể được khu giáo dục Liên khu 4 khen ngợi và tặn giấy khen cho thầy Nguyễn Hữu Cự hiệu trưởng của trường. Trong giai đoạn này[1951-1954] ở Hương Sơn có hai trường quốc lập là trường C/2 Sơn Thịnh và trường C/2 Bình Mỹ. còn có một số trường tư thục của nhà chung và ba trường cấp hai dân lập đó là trường cấp hai dân lập Hồ Tùng Mậu ở Sơn Trung, trường C/2 dân lạp Vỏ Liêm Sơn ở Sơn Hòa và trường C/2 dân lập Nguyễn Huệ ở vùng Long Trà.
Năm 1954 miền Bắc đang thực hiện cuộc giảm tô và cải cách ruộng đất, một số trường học kể cả trường quốc lập không tránh khỏi sự hoang mang dao động. Học sinh xin bỏ học, một số GV xin nghỉ dạy. Trước tình thế đó mặt trận liên việt huyện Hương sơn quyết định hợp nhất ba trường dân lập lại lấy tên trường C/2 Dân lập Hồ Tùng Mậu. Địa điểm trường đóng khi đó tại vùng Đông Tràng thuộc xã Sơn Châu do thầy Nguyễn Đình Chương [quế Sơn Tiến] làm hiệu trưởng, thầy Lê Mưu làm Bí thư chi bộ và thầy Nguyễn Hữu Cự làm Thư kí Công đoàn, lúc này trường có 7 lớp, 10 GV và khoảng 350 HS. Một năm sau trường lại dời về đinh Tứ Mỹ [Sơn châu]. lớp học được bố trí ngay trong đình làng ở nhà thờ họ Đinh và một số nhà dân lân cận khác. Suốt bốn năm [1954-1958]. Trường đã có một số nổ lực vượt bậc. Ngoài việc lo đủ tài liệu giảng dạy, các thầy còn làm thêm thiết bị dạy học, đồ dùng học tập đảm bảo yêu cầu phục vụ dạy học. Ngoài ra trường còn xây dựng được một lò gạch, tự đốt gạch để xây dựng thêm cơ sở vật chất trường họ. Thời kì này trường đã trở thành một đơn vị có tầm cở trong huyện nhà về công tác giáo dục.
Năm 1958 trường Hồ Tùng Mậu được chuyển thành trường quốc lập. Thầy Nguyễn khắc Lanh [quê Sơ Hòa] được chỉ định làm hiệu trưởng, lúc này trường đã có 11 lớp và khoảng 15 GV. Từ đây trường Hồ Tùng Mậu ghi thêm một mốc son chói lọi. Trường đã bước sang thời kỳ phồn thịnh, tự hào vững bước đi lên. Giai đoạn này trường lại dời đến địa điểm mới đóng tại vùng đập Choi. Nơi giáp ranh giữa xã Sơn Châu-Sơn Bình-Sơn Hà. Lúc này trường thực sự đã có cơ ngơi riêng, hai dãu nhà gồm 11 phòng học lợp bằng lá cọ, tường tốc xi, bảng đen , bàn ghế được đóng bằng gỗ. Ba gian nhà hiệu vụ ngăn nắp gọn gàng.. có bếp tập đoàn, có sân chơi bãi tập, có vườn sinh địa , trên khu đất rộng chừng hai ha. Các thầy xa gia đình được các hộ gia đình lân cận nuôi trọ. Bữa ăn có đĩa cà muối ,tép rang kèm theo bát canh rau muống thật là ấm cúng và ngon miệng. Lễ khai giảng năm học 1958-1959 đến với trường Hồ Tùng Mậu như ngày hội lớn, vui sướng rộn ràng trong rừng cờ hoa áo mới học trò.
Cuối năm 1959 thầy Lanh chuyển công tác về làm thư ký công đoàn GD Hà Tĩnh. Thầy Lê Mưu [quê Sơn Bình] được cử làm hiệu trưởng 1959-1961 ,sau đó thầy Lê Mưu đi học Đại học Sư phạm. Thầy giáo Nguyễn Đình Côn [quê Sơn Phúc]về làm hiệu trưởng của trường.[1961-1972]giai đoạn này do chiến tranh chống Mĩ số HS Sơn Hà tách về địa phương lập thành trường riêng gọi là trường C2 Sơn Hà. Lúc này trường chỉ còn lại 9 lớp và 15 GV, khoảng 500 HS. Năm 1972 vì lí do sức khoe thầy Nguyễn Đình Côn xin nghĩ hưu . Thầy Đinh Sĩ Tâm và thầy Văn Đình Thận tiếp tục thay nhau làm hiệu trưởng[1972-1974] hai thầy đều là người địa phương Sơn Châu ,Sơn Bình. Suốt trong mười bảy năm [1958-1975] kể từ khi chuyển sang hệ công lập trường Hồ Tùng Mậu là một đơn vị tiêu biểu của ngành GD Hà Tĩnh. Mặc dù qua cuộc chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, trường phải đi sơ tán vào vùng xóm Long Hội - Bão Thịnh [Sơn Bình] lớp học phải che chắn băng lũy đất, trần rơm, có giai đoạn phải học vào ban đêm. Trường vẫn liên tục nhiều năm giữ vững ngọn cờ đầu là đơn vị tiên tiến xuất sắc của tỉnh. Với thành thích nổi bật trường đã dược bộ trưởng GD Nguyễn Văn Huyên về thăm năm 1962. Đến năm 1967 một lần nữa được tiếp đón thứ trưởng Hồ Trúc về thăm.
Đến năm 1998 do yêu cầu phát triển qui mô trường lớp của ngành GD huyện nhà, trường Hồ Tùng Mậu được tái thành lập. Thời kỳ này thầy giáo Văn Đình Thi [quê Sơn Châu] được cử làm hiệu trưởng [1998-2003]. Lúc này trường có 16 lớp và khoảng 800 học sinh. Từ những ngày đầu trường tái thành lập, tập thể GV của trường ,phát huy truyền thống cha anh, không ngừng phấn đấu, xây dựng trường vươn lên giành lấy thành tích cao trong ngành giáo dục. Trường liên tục được công nhận là trường tiên tiến cấp cơ sở. Năm 2002-2003 trường có 5 thầy cô giáo đạt GV giỏi huyện và một cán bộ quản lý đạt CSTĐ cấp cơ sở . Trong năm học này trường có 2HS đạt HSG tỉnh, có 50 HS đạt HSG huyện và hàng trăm em đạt HS tiên tiến. Trong năm học này trường đạt danh hiệu Tiên tiến cấp tỉnh . Năm 2003 thầy Văn Đình Thi được nghỉ chế độ . Thầy Đào Minh Châu [quê Sơn Ninh] về làm hiệu trưởng của trường . Được sự ủng hộ của nhân dân hai địa phương Sơn Châu và Sơn Bình .Với sự nổ lực của BGH , Chi bộ nhà trường và tập thể Hội đồng SP trường đã từng bước hoàn thiện , xây dựng nhà chức năng cao tầng ,nhà công vụ GV. Phối hợp với Hội phụ huynh xây dựng đường đi lối lại , sân láng bê tông ,xây dựng khuôn viên cây cảnh ,xây dựng vườn sinh học,sân chơi bãi tập thể thao..Năm học 2003-2004 trường có 6 GVG huyện trong đó có thầy Lương Văn Đàm nhất môn Toán , cô Cù Bích Thuận giải ba môn Văn . Có 2 HSG tỉnh, 57 HSG huyện . Năm 2003-2004 trường đạt danh hiệu Tiên tiến cấp cơ sở , Công đoàn được Liên đoàn tỉnh tặng cờ thi đua , thầy Hiệu trưởng và Chủ tịch công đoàn được tỉnh tặng Bằng khen.Trường được công nhận đạt "Chuẩn quốc gia giai đoạn I".