GIỚI THIỆU BIOPYTHON – NGÔN NGỮ CỦA TIN SINH HỌC
[Nguồn: //bioinformatics.vn]
1 Biopython là gì?
Dự án Biopython là 1 tổ chức quốc tế của những lập trình viên sử dụng công cụ Python [//www.python.org] trong lĩnh vực sinh học phân tử. Python là một ngôn ngữ lập trình hướng đối tượng, thông dịch, và linh hoạt nên đã trở nên phổ biến trong tính toán [computing] khoa học. Python dễ học, có cú pháp rõ ràng và có thể dễ dàng mở rộng với các module được viết bằng C, C++, hay FORTRAN.
Website Biopython [biopython.org] có các tài nguyên online về các module, script, và web link cho các lập trình viên Python để sử dụng trong tin sinh học và nghiên cứu. Về cơ bản, mục tiêu của Biopython là làm cho việc sử dụng Python trong tin sinh học trở nên dễ dàng nhất có thể bằng cách tạo ra các module và lớp có thể tái sử dụng và có chất lượng cao. Biopython có các bộ chuyển đổi giữa các định dạng file dùng trong tin sinh học [BLAST, Clustalw, FASTA, Genbank,…], có kết nối với các service trực tuyến [NCBI, Expasy,…], giao diện với các phần mềm phổ biến cũng như hiếm dùng [Clustal, DSSP, MSMS,…], a standard sequence class, various clustering modules, a KD tree data structure,.v.v. và tài liệu.
Về mặt cơ bản, chúng ta sẽ muốn lập trình bằng Python và làm nó trở nên dễ dàng nhất có thể để sử dụng Python trong tin sinh học bằng cách tạo ra các module và script có thể tái sử dụng và có chất lượng cao.
2 Tôi có gì trong một gói Biopython?
Phiên bản Biopython chính có rất nhiều chức năng, bao gồm:
– Khả năng chuyển đổi các file trong tin sinh học thành cấu trúc dữ liệu sử dụng trong Python, hỗ trợ các định dạng sau đây:
+ Đầu ra của Blast – cả bản Blast độc lập lẫn bản web
+ Clustalw
+ FASTA
+ GenBank
+ PubMed và Medline
+ ExPASy file, chẳng hạn như Enzyme và Prosite
+ SCOP, bao gồm file ‘dom’ và ‘lin’
+ UniGene
+ SwissProt
– Những file thuộc định dạng được hỗ trợ có thể được lặp lại trong các bản ghi, hoặc sẽ được đánh chỉ số và được truy cập qua một giao diện Tra cứu [Dictionary]
– Mã để xử lý với những trạm xử lý tin sinh học online phổ biến như:
+ NCBI – Blast, Entrez và PubMed services
+ ExPASy – các giá trị Swiss-Prot và Prosite cũng như tìm kiếm từ Prosite
– Giao diện với các chương trình tin sinh học thông dụng như:
+ Bản Blast độc lập của NCBI
+ Chương trình alignment Clustalw
+ Công cụ dòng lệnh EMBOSS
– Một lớp chuẩn cho việc giải trình tự để xử lý các công việc liên quan đến giải trình tự, đánh id trên trình tự, và các đặc điểm của trình tự
– Các công cụ để thực hiện các thao tác trên trình tự như translation [dịch mã], trancription [phiên mã] và weight calculations [tính kích thước]
– Mã phân loại dữ liệu sử dụng K-Nearest Neighbors, Naives Bayes hay Support Vector Machines.
– Mã để alignment [gióng hàng], gồm 1 cách chuẩn để tạo và xử lý các ma trận thay thế.
– Mã để có thể dễ dàng chia các công việc có thể thực song song thành các luồng xử lý riêng biệt.
– Chương trình có giao diện để làm các thao tác xử lý trình tự cơ bản, dịch mã, BLASTing, v..v..
– Tài liệu mở rộng và hướng dẫn sử dụng các module, bao gồm tài liệu wiki trực tuyến, website và danh sách mail.
– Tích hợp với BioSQL, một cơ sở dữ liệu trình tự cũng đc hỗ trợ bởi dự án BioPerl và BioJava.
Hy vọng những điều này sẽ cho bạn nhiều lý do để tải về và bắt đầu sử dụng Biopython.
Nguồn: Biopython.org
Filed under: *Ngôn ngữ lập trình Python |
Hướng dẫn dùng py spark python
Happy New Year 2021 ^^ !Ở trong bài viết này mình sẽ viết bài về Pyspark mục đích để nhớ kiến thức và chia sẻ cho mọi người những gì mình đã học được. ...
Hướng dẫn dùng python stats python
In this Python tutorial, we will learn about the “Python Scipy Stats Norm” to calculate the different types of normal distribution and how to plot it and cover the following topics.Nội dung ...
Hướng dẫn dataset mongodb
This entry is part 5 of 24 in the series MongoDBMongoDB là gì? Các khái niệm trong MongoDB Hướng dẫn cài đặt, cấu hình MongoDB trên Windows 10Cài đặt và sử dụng Robo 3T ...
Hướng dẫn frame tkinter trong python
GUI là viết tắt của cụm từ Graphical User Interface, có nghĩa là giao diện đồ họa người dùng. Thuật ngữ này được dùng để ám chỉ cách người dùng tương ...
Hướng dẫn cách dụng nodejs
Nhóm phát triển của chúng tôi vừa ra mắt website langlearning.net học tiếng Anh, Nga, Đức, Pháp, Việt, Trung, Hàn, Nhật, ... miễn phí cho tất cả mọi người. Là ...
Hướng dẫn view pdf with php
Trang chủ/Chia sẻ/Website/Lập trình PHP kết hợp JS cho xem file PDF dưới dạng hình ảnh mà không bị lộ đường dẫn file PDF Được đăng: Thứ bảy, 15 Tháng 5 2021 ...
Get position of turtle python
How can I find the coordinate of a turtle in python?For example, if the turtle is located at [200, 300], how would I retrieve that position? martineau115k25 gold badges160 silver badges282 bronze ...
Hướng dẫn dùng mongodb 3d python
Input 2 strings in pythonOne way is to do like this:x=raw_input[Enter values: ] a=x.split[ ] And now you have the separate values in a.Demonstration:>>> x=raw_input[Enter values: ] Enter ...
Hướng dẫn 2**3 in python
In the following examples, input and output are distinguished by the presence or absence of prompts [>>> and …]: to repeat the example, you must type everything after the prompt, when the ...
Hướng dẫn dùng np.max index python
Nội dung chínhPython Numpy là gì?NumPy ArrayNumpy cài đặt như thế nào?Multi-dimensional numPy array là gì?Python NumPy Array v/s ListPython NumPy OperationsTham khảoPython Numpy là ...
Hướng dẫn try catch php w3schools
What is an Exception?An exception is an object that describes an error or unexpected behaviour of a PHP script. Exceptions are thrown by many PHP functions and classes.User defined functions and ...
Hướng dẫn dùng nodejs介绍 JavaScript
Nhóm phát triển của chúng tôi vừa ra mắt website langlearning.net học tiếng Anh, Nga, Đức, Pháp, Việt, Trung, Hàn, Nhật, ... miễn phí cho tất cả mọi người. Là ...
Sheet nhạc bài vung duyên phận organ
Lệ Quyên Gm Your browser does not support the audio element. Như Quỳnh Gm Your browser does not support the audio element. Dương Hồng Loan Gm Your browser does not support the audio ...
Hướng dẫn install biopython
Hướng dẫn cài đặt, lập trình Python trên Windows 10[Xem thêm: Hướng dẫn cài đặt Python trên Ubuntu [Linux]]Download và cài đặt PythonDownload file cài đặt python ...
Cách chuyển word sang excel
Như các bạn cũng đã biết tin học văn phòng là một trong những kỹ năng không thể thiếu đối với dân công cơ, đặc biệt là những vị trí công việc ...
Hướng dẫn beautifulsoup python pip
Vietnamese [Tiếng Việt] translation by Dai Phong [you can also view the original English article] Trong một bài viết trước, tôi đã hướng dẫn cho bạn cách sử dụng mô-đun ...
Hướng dẫn dùng usub examples python
1. Giới thiệu về cơ chế Pub/SubTrong hệ thống phân tán lớn, message broker là một thành phần vô cùng quan trọng. Lý do vì sao mình xin thứ lỗi không giải thích ...
How do you perform an impact analysis?
Impact analysis is an important technique used in software development. It helps us to delimit the scope of impact while we make changes on the software system. Oversee the risks of the change and ...
Hướng dẫn dùng ploting python
Bài viết được sự cho phép của tác giả Kien Dang ChungNội dung chínhPylab là gì?1. Phân cấp đối tượng trong Matplotlib2. Vẽ đồ thị với plot[]2.2 Vẽ nhiều ...
Hướng dẫn calculate tf-idf python
Tóm tắtXử lý ngôn ngữ là một kĩ thuật quan trọng nhằm giúp máy tính hiểu được ngôn ngữ của con người, qua đó hướng dẫn máy tính thực hiện và giúp ...
Hướng dẫn aws lambda python
Trong hướng dẫn này, bạn sẽ tìm hiểu những kiến thức cơ bản về việc chạy mã trên AWS Lambda mà không cần cung cấp hay quản lý máy chủ. Chúng tôi sẽ ...
Hướng dẫn python simplenamespace keys
The following seems to work either way. What is the advantage [other than the nice repr] of using types.SimpleNamespace? Or is it the same thing?>>> import types >>> class ...
Hướng dẫn dùng getting started python
Lời nói đầuChào các bạn, mình là một PHP developer và hoàn toàn chưa biết gì về python cả. Tuy nhiên nhiều khi code mãi một ngôn ngữ thì cũng chán nên mình ...
Hướng dẫn dùng pyspark types python
Happy New Year 2021 ^^ !Ở trong bài viết này mình sẽ viết bài về Pyspark mục đích để nhớ kiến thức và chia sẻ cho mọi người những gì mình đã học được. ...
Php parse large xml file
Im trying to parse the DMOZ content/structures XML files into MySQL, but all existing scripts to do this are very old and dont work well. How can I go about opening a large [+1GB] XML file in PHP ...
Hướng dẫn php tutorial w3schools
Learn PHPPHP is a server scripting language, and a powerful tool for making dynamic and interactive Web pages.PHP is a widely-used, free, and efficient alternative to competitors such as Microsofts ...
Sheet nhạc piano gặp mẹ trong mơ
Gặp mẹ trong mơ – Nhạc nước ngoàisheet nhạc: Gặp mẹ trong mơNày bầu trời rộng lớn ơi, có nghe chăng tiếng em gọi. Mẹ giờ này ở chốn nao, con đang mong ...
Hướng dẫn dùng python tkinker python
Python cung cấp các tùy chọn khác nhau để phát triển giao diện người dùng đồ họa [GUI]. Quan trọng nhất được liệt kê dưới đây. Tkinter: Tkinter là giao ...
Hướng dẫn expression in python w3schools
Python Tutorial❮ Home Next ❯Learn PythonPython is a popular programming language.Python can be used on a server to create web applications.Start learning Python now »Learning by ExamplesWith our ...
Hướng dẫn dùng mongodb w3schools trong PHP
Creating a DatabaseTo create a database in MongoDB, start by creating a MongoClient object, then specify a connection URL with the correct ip address and the name of the database you want to ...
Hướng dẫn cv2 python
Chắc hẳn các bạn thường hay nghe đến OpenCV để xử lý hình ảnh và được sử dụng rất phổ biến. Trong bài viết hôm nay, mình sẽ chia sẻ cho các bạn các ...
Hướng dẫn dùng modifer trong PHP
Trong bài này, chúng ta sẽ tìm hiểu về cách sử dụng access modifier trong PHP. Để học tốt bài này, các bạn cần đọc lại bài Cài đặt môi trường lập trình ...
Hướng dẫn dùng geeksforgeeks c++ python
Python is a general-purpose high-level programming language and is widely used among the developers’ community. Python was mainly developed for emphasis on code readability, and its syntax allows ...
Hướng dẫn dùng schoops JavaScript
Lập trình hàm [Functional programming] không còn là cái tên lạ lẫm trong thời gian gần đây, nhiều lập trình viên đã và đang dần chuyển đổi theo mô hình lập ...
Hướng dẫn dùng geeksforgeeks python python
Python is a general-purpose high-level programming language and is widely used among the developers’ community. Python was mainly developed for emphasis on code readability, and its syntax allows ...