Các nguyên nhân gây bệnh quan trọng của nhóm động vật nguyên sinh đường ruột gồm có
Entamoeba histolytica
Giardia duodenalis [G. lamblia, G. intestinalis]
Coccidia đường ruột: Cryptosporidium sp, Cystoisospora [Isospora] belli, và Cyclospora cayetanensis
Các loài của ngành Microsporidia từng được xếp loại vào nhóm động vật nguyên sinh, tuy nhiên hiện nay dựa trên bằng chứng ADN của các nghiên cứu chúng được xếp vào giới Nấm hoặc nhóm sinh vật có liên quan rất gần với giới Nấm.
Các căn nguyên ký sinh trùng gây bệnh và các sinh vật hội sinh không gây bệnh đều có thể cùng lúc tồn tại ở đường ruột. Nhiễm trùng do động vật nguyên sinh ngoài ruột đã được đề cập trong những chương khác trong cuốn sách này.
Các bệnh do động vật nguyên sinh biểu hiện hệ thống gồm có Bệnh sốt rét Bệnh sốt rét Sốt rét là bệnh nhiễm ký sinh trùng Plasmodium Triệu chứng và dấu hiệu bao gồm sốt [chu kỳ], ớn lạnh, đổ mồ hôi, thiếu máu tán huyết, và lách to. Chẩn đoán bằng cách tìm Plasmodium trong máu... đọc thêm , Bệnh nhiễm Babesia Nhiễm kí sinh trùng Babesia Bệnh Babesiosis là bệnh nhiễm trùng với động vật đơn bào Babesia. Nhiễm trùng có thể không có triệu chứng hoặc gây ra bệnh giống sốt rét với triệu chứng sốt và thiếu máu tan máu. Bệnh tật trầm... đọc thêm , Bệnh nhiễm Leishmania Bệnh Leishmaniasis Leishmaniasis là do các loài Leishmania. Các biểu hiện bao gồm các hội chứng về da, niêm mạc và nội tạng. Bệnh da leishmaniasis có thể gây ra các tổn thương da mạn tính không đau, từ nốt đến... đọc thêm , Bệnh nhiễm Toxoplasma Bệnh Toxoplasma Bệnh Toxoplasma do nhiễm ký sinh trùng Toxoplasma gondii. Triệu chứng từ không biểu hiện đến hạch to lành tính [bệnh giả tăng bạch cầu đơn nhân] tới đe dọa đến mạng sống bệnh lý thần kinh trung... đọc thêm , và Nhiễm Trypanosomia Bệnh do Trypanosoma châu Phi Bệnh do Trypanosoma Châu Phi do các chủng của Trypanosoma gây ra, lây truyền qua vết cắn của ruồi Glossinia. Bao gồm các triệu chứng: ban sẩn ngoài da, sốt thất thường, đau đầu, rét run, phù... đọc thêm .
Các bệnh do động vật nguyên sinh đường ruột lây truyền qua đường phân - miệng, do vậy nhiễm trùng dễ lây lan ở những khu vực có điều kiện vệ sinh thiếu thốn và xử lý nước không đúng. Các bệnh này cũng hay gặp tại Mỹ ở những nơi thông thường có điều kiện vệ sinh kém và phân không được kiểm soát, có thể gặp ở các viện tâm thần và trung tâm chăm sóc ban ngày. Đôi khi sự bùng phát dịch bệnh do lây lan qua nước dùng đã từng xảy ra tại Mỹ [ ví dụ như đại dịch nhiễm Cryptosporidium bùng phát ở Milwaukee năm 1993] Một số động vật nguyên sinh đường tiêu hóa lây truyền qua đường tình dục, đặc biệt là khi quan hệ tình dục bằng đường miệng - hậu môn, và một số loài gây nhiễm trùng cơ hội nghiêm trọng ở bệnh nhân AIDS.
Chẩn đoán
Chẩn đoán bệnh dựa trên các triệu chứng và khám bệnh rất khó, xét nghiệm phân tìm kháng nguyên ký sinh trùng hoặc soi phân dưới kính hiển vi tìm nang hoặc ký sinh trùng là cần thiết
Xét nghiệm kháng nguyên phân nhạy và đặc hiệu với một số động vật nguyên sinh hiện có gồm:
G. intestinalis
Cryptosporidium sp
E. histolytica
Chẩn đoán vi sinh có thể đòi hỏi một số mẫu bệnh phẩm, phương pháp nồng độ, và nhuộm bệnh phẩm; do đó, phòng thí nghiệm phải được thông báo khi có mầm bệnh hoặc mầm bệnh nghi ngờ. Một số bệnh nhân cần thực hiện các phương pháp xâm lấn một phần ví dụ như nội soi sinh thiết.[xem Bảng: Thu thập và xử lý bệnh phẩm chẩn đoán nhiễm ký sinh trùng bằng kính hiển vi* Thu thập và xử lý bệnh phẩm chẩn đoán nhiễm ký sinh trùng bằng kính hiển vi* [Xem thêm Sán dây , Động vật nguyên sinh ngoài ruột , Động vật nguyên sinh đường ruột, Giun tròn , và Sán lá.] Ký sinh trùng ở người là sinh vật ký sinh trên người và nhận được chất dinh dưỡng... đọc thêm ].
Chẩn đoán sinh học phân tử sử dụng kỹ thuật PCR để chẩn đoán cho các căn nguyên đã biết và đây là kỹ thuật hứa hẹn trong tương lai.