Cụ thể, KBNN có trách nhiệm vân hành, khai thác hệ thống theo quy định, tổ chức các họat động về nghiệp vụ, kỹ thuật để vận hành như quản lý và duy trì, cập nhật thông tin nhân viên, cây phê duyệt, tập trách nhiệm [quyền] và thông tin người sử dụng trong TABMIS
Ngoài ra, các đơn vị dự toán cấp trên sẽ phải thực hiện nhập dự toán không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản giao dự toán, trường hợp giao bổ sung và điều chỉnh không quá 5 ngày làm việc.
Các quy trình nghiệp vụ kế toán nhà nước theo phương pháp hạch toán TABMIS sẽ thực hiện theo quy định tại Thông tư 08/2013/TT-BTC .