Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?

Đã hỏi 2 năm, 2 tháng trước 2 years, 2 months ago

Đã xem 1k lần 1k times

$ \ beingroup $

Tôi mới tham gia chương trình Python/Biopython. Tôi muốn cài đặt Biopython vào pycharm IDE của tôi nhưng tôi đã thử tất cả các hướng dẫn về điều này, nhưng nó không xác nhận nó. Tôi có tệp Biopython có sẵn đã được trích xuất. Có một cú pháp cho 'Cài đặt' trong: PIP Cài đặt Biopython Cách thức cài đặt và nhập Biopython thích hợp là gì? Và làm thế nào một người xác nhận cài đặt.

hỏi ngày 15 tháng 7 năm 2020 lúc 16:41Jul 15, 2020 at 16:41

$ \ endgroup $

5

$ \ beingroup $

Tôi mới tham gia chương trình Python/Biopython. Tôi muốn cài đặt Biopython vào pycharm IDE của tôi nhưng tôi đã thử tất cả các hướng dẫn về điều này, nhưng nó không xác nhận nó. Tôi có tệp Biopython có sẵn đã được trích xuất. Có một cú pháp cho 'Cài đặt' trong: PIP Cài đặt Biopython Cách thức cài đặt và nhập Biopython thích hợp là gì? Và làm thế nào một người xác nhận cài đặt.

conda install -c anaconda biopython

hỏi ngày 15 tháng 7 năm 2020 lúc 16:41

$ \ endgroup $

pip install biopython

Cài đặt Anaconda3 Các hướng dẫn ở đây. Sau đó, đảm bảo bạn được kết nối với loại InternetJul 15, 2020 at 19:09

Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?

Khi Anaconda được cài đặt, không cố gắng sử dụng pip, nếu bạn làm thì bạn cần đặt 'môi trường' trong Anaconda và làm việc từ môi trường đó.M__

Tôi nghi ngờ bạn đã sử dụng pip hoặc pip3 thông qua2 gold badges22 silver badges42 bronze badges

$ \ endgroup $

Tôi là một người mới ở Pycharm, và sử dụng nó như một IDE chung cho Python.

Vấn đề của tôi ở đây là khi tôi chạy mã của mình trong pycharm, nó không thấy Biopython. Nó nói rằng:

Traceback (most recent call last):
File "[path-to-code]", line 9, in 
from Bio import SeqIO
ImportError: No module named Bio

Vì vậy, tôi đã đi đến 'Tùy chọn-> Project: Code-> Cấu trúc dự án' và thêm toàn bộ gói trang web làm gốc nội dung. Nhưng sau đó, Pycharm sẽ không chạy và đưa ra lỗi này:

Fatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread

Có ai phải đối mặt với vấn đề tương tự trước đây không?

Lưu ý: Bảng điều khiển Python có thể nhận ra khi tôi nhập Bio và hoạt động tốt.

Pycharm cung cấp các phương thức để cài đặt, gỡ cài đặt và nâng cấp các gói Python cho một trình thông dịch Python cụ thể. Điều đó có nghĩa là mỗi dự án có bộ gói riêng, được coi là một thông lệ tốt nhất cho quản lý phụ thuộc Python. Theo mặc định, Pycharm sử dụng PIP để quản lý các gói dự án. Đối với môi trường Conda, bạn có thể sử dụng trình quản lý gói Conda.

Trong Pycharm, bạn có thể xem trước và quản lý các gói trong cửa sổ công cụ Python Packages và trong cài đặt/tùy chọn trình thông dịch Python.Python Packages tool window and in the Python interpreter Settings/Preferences.

Cửa sổ công cụ Python Packages cung cấp cách nhanh nhất và gọn gàng nhất để xem trước và cài đặt các gói cho trình thông dịch Python hiện được chọn. Cửa sổ này được bật theo mặc định và bạn có thể tìm thấy nó trong nhóm thấp hơn của các cửa sổ công cụ. Bất cứ lúc nào bạn có thể mở nó bằng menu chính:.Python Packages tool window provides the quickest and neat way to preview and install packages for the currently selected Python interpreter. This window is enabled by default, and you can find it in the lower group of the tool windows. At any time you can open it using the main menu: .

Cửa sổ công cụ Python Packages hiển thị các gói đã cài đặt và các gói có sẵn trong kho PYPI. Sử dụng trường tìm kiếm để lọc ra danh sách các gói có sẵn.Python Packages tool window shows installed packages and the packages available in the PyPI repository. Use the Search field to filter out the list of the available packages.

Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?

Bạn có thể xem trước tài liệu gói trong khu vực tài liệu hoặc bạn có thể nhấp vào liên kết tài liệu và mở tài nguyên tương ứng trong trình duyệt.Documentation link and open the corresponding resource in a browser.

Để xóa gói đã cài đặt, nhấp vào góc trên bên phải của cửa sổ Công cụ Gói Python. in the upper-right corner of the Python Package tool window.

Cài đặt các gói từ kho lưu trữ

  1. Bắt đầu nhập tên gói trong trường Tìm kiếm của cửa sổ Công cụ Gói Python. Bạn sẽ có thể thấy số lượng các gói phù hợp.Search field of the Python Package tool window. You should be able to see the number of the matching packages.

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
  2. Mở rộng danh sách các phiên bản có sẵn ở góc trên bên phải của cửa sổ công cụ. Chọn phiên bản cần thiết hoặc giữ nó mới nhất.

  3. Nhấp vào nút Cài đặt bên cạnh danh sách phiên bản. Sau khi Pycharm thông báo cho bạn về cài đặt thành công, bạn sẽ thấy gói trong danh sách các gói đã cài đặt.Install button next to the version list. Once PyCharm notifies you about successful installation, you should see the package in the list of the installed packages.

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
  4. Nếu cần, nhấp và cung cấp một đường dẫn đến bất kỳ kho lưu trữ tùy chỉnh nào bạn muốn cài đặt. and provide a path to any custom repository you want to install from.

Quản lý kho lưu trữ gói

  1. Để chỉ định một kho lưu trữ tùy chỉnh, bao gồm DEVPI hoặc PYPI, hãy nhấp vào thanh công cụ Python Packages. on the Python Packages toolbar.

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
  2. Trong hộp thoại kho lưu trữ Python Packages, bấm vào để thêm một kho lưu trữ mới. Nếu không có ủy quyền là bắt buộc, ví dụ, trong trường hợp kho lưu trữ cục bộ, hãy nhập URL mục tiêu và nhấp vào OK.Python Packages Repositories dialog, click

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
    to add a new repository. If no authorization is required, for example, in the case of a local repository, type the target URL and click OK.

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
  3. Nếu bạn muốn cài đặt các gói Python từ kho lưu trữ yêu cầu ủy quyền HTTP, hãy nhấp vào HTTP cơ bản và nhập URL kho lưu trữ và thông tin đăng nhập. Bấm OK để hoàn thành nhiệm vụ.Basic HTTP and type the repository URL and the login credentials. Click OK to complete the task.

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?

Khi kho lưu trữ được thêm vào, nó sẽ xuất hiện trong danh sách các kho lưu trữ trong cửa sổ Công cụ Python Packages.Python Packages tool window.

Cài đặt các gói từ hệ thống điều khiển phiên bản

  1. Nhấp vào liên kết Thêm gói trên thanh công cụ Python Packages và chọn từ điều khiển phiên bản.Add Package link on the Python Packages toolbar and select From Version Control.

  2. Chỉ định một đường dẫn đến kho lưu trữ git đích. Tham khảo tài liệu PIP để biết thêm thông tin về các định dạng đường dẫn được hỗ trợ.

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
  3. Chọn Cài đặt dưới dạng có thể chỉnh sửa (-e) nếu bạn muốn cài đặt một dự án ở chế độ có thể chỉnh sửa (ví dụ: Chế độ phát triển Setuptools).Install as editable (-e) if you want to install a project in editable mode (for example, setuptools develop mode).

Cài đặt các gói từ máy cục bộ

  1. Nhấp vào liên kết Thêm gói trên thanh công cụ Python Packages và chọn từ đĩa.Add Package link on the Python Packages toolbar and select From Disk.

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
  2. Chỉ định một đường dẫn đến thư mục gói hoặc kho lưu trữ (zip hoặc whl).zip or whl).

Quản lý các gói trong cài đặt phiên dịch Python

Để quản lý các gói Python cho trình thông dịch Python, hãy chọn trang phiên dịch Python trong cài đặt/tùy chọn dự án hoặc chọn cài đặt trình thông dịch trong bộ chọn phiên dịch Python trên thanh trạng thái.Settings/Preferences or select Interpreter Settings in the Python Interpreter selector on the Status bar.

Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?

Nếu bạn chọn trình thông dịch Python với môi trường Conda được định cấu hình, thì việc sử dụng trình quản lý gói Conda sẽ xuất hiện trong thanh công cụ khu vực gói.Use Conda Package Manager toggle appears in the packages area toolbar.

Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?

Sử dụng chuyển đổi này để quản lý các gói từ kho lưu trữ môi trường Conda. Việc chuyển đổi này được bật theo mặc định cho môi trường Conda.

Cài đặt một gói

  1. Nhấp vào nút trên thanh công cụ gói. button on the package toolbar.

  2. Trong hộp thoại Gói có sẵn mở ra, hãy xem trước danh sách các gói có sẵn và nhập tên của gói để cài đặt trong trường tìm kiếm.Search field.

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
  3. Nếu được yêu cầu, chọn các hộp kiểm sau:

    • Chỉ định phiên bản: Nếu hộp kiểm này được chọn, bạn có thể chọn phiên bản mong muốn từ danh sách các phiên bản có sẵn. Theo mặc định, phiên bản mới nhất được thực hiện.: if this checkbox is selected, you can select the desired version from the list of available versions. By default, the latest version is taken.

    • Tùy chọn: Nếu hộp kiểm này được chọn, bạn có thể nhập các tùy chọn dòng lệnh pip install trong trường văn bản.: If this checkbox is selected, you can type the pip install command-line options in the text field.

    • Cài đặt vào thư mục gói trang web của người dùng: Nếu hộp kiểm này bị xóa (theo mặc định), thì các gói sẽ được cài đặt vào thư mục gói phiên dịch hiện tại. Nếu hộp kiểm được chọn, các gói sẽ được cài đặt vào thư mục được chỉ định. Tùy chọn này không có sẵn cho môi trường Conda.: If this checkbox is left cleared (by default), then the packages will be installed into the current interpreter package directory. If the checkbox is selected, the packages will be installed into the specified directory. This option is not available for Conda environments.

  4. Chọn gói mục tiêu và nhấp vào Gói cài đặt.Install Package.

Gỡ cài đặt một gói

  1. Trong danh sách các gói, chọn các gói sẽ được gỡ bỏ.

  2. Nhấp vào Gỡ cài đặt (). Các gói được chọn được loại bỏ khỏi đĩa.Uninstall (

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
    ). The selected packages are removed from disk.

Pycharm thông minh theo dõi trạng thái của các gói và nhận ra các phiên bản lỗi thời bằng cách hiển thị số lượng phiên bản gói (phiên bản cột) hiện đã được cài đặt và phiên bản mới nhất (phiên bản mới nhất của cột). Khi phát hiện phiên bản mới hơn của gói, Pycharm đánh dấu nó bằng dấu hiệu mũi tên và đề xuất nâng cấp nó.Version), and the latest available version (column Latest version). When a newer version of a package is detected, PyCharm marks it with the arrow sign and suggests to upgrade it.

Theo mặc định, cột phiên bản mới nhất chỉ hiển thị các phiên bản ổn định của các gói. Nếu bạn muốn mở rộng phạm vi của các phiên bản mới nhất có sẵn cho bất kỳ phiên bản trước khi phát hành (như beta hoặc ứng cử viên phát hành), hãy nhấp vào Hiển thị các bản phát hành sớm.Latest version column shows only stable versions of the packages. If you want to extend the scope of the latest available versions to any pre-release versions (such as beta or release candidate), click Show early releases.

Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?

Nâng cấp một gói

  1. Trong danh sách các gói, chọn gói để được nâng cấp.

  2. Nhấp vào Nâng cấp ().Upgrade (

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?
    ).

    Hướng dẫn can we use biopython in pycharm? - chúng ta có thể sử dụng biopython trong pycharm không?

    Các gói được chọn được nâng cấp lên các phiên bản mới nhất có sẵn.

  3. Bấm OK để hoàn thành nâng cấp.OK to complete upgrading.

Nếu bạn đã quen với việc cài đặt các gói từ dòng lệnh, bạn có thể tiến hành quy trình làm việc của mình bằng thiết bị đầu cuối.

Tái sử dụng các gói đã cài đặt

  • Tạo một môi trường ảo mới và cài đặt các gói mà bạn muốn được sử dụng trong các dự án khác. Sau đó, bạn có thể chỉ định môi trường ảo này dưới dạng thông dịch viên Python cho dự án đích và tất cả các gói cần thiết sẽ có sẵn.

  • Trong cửa sổ đầu cuối thực thi lệnh sau:Terminal window execute the following command:

    ________số 8

    Sau đó, thêm tệp requirements.txt đã tạo vào dự án đích và Pycharm sẽ nhắc bạn cài đặt các gói được liệt kê trong tệp.

Sửa đổi lần cuối: 16 tháng 9 năm 2022

Biopython có khác với Python không?

Một đối tượng Biopython SEQ tương tự như một chuỗi python ở nhiều khía cạnh: nó hỗ trợ ký hiệu lát python, có thể được nối với các chuỗi khác và là bất biến. Ngoài ra, nó bao gồm các phương pháp cụ thể theo trình tự và chỉ định bảng chữ cái sinh học cụ thể được sử dụng.: it supports the Python slice notation, can be concatenated with other sequences and is immutable. In addition, it includes sequence-specific methods and specifies the particular biological alphabet used.

Làm cách nào để nhập một mô -đun vào pycharm?

Nhập tên của gói và nhấn Alt-Enter, sau đó chọn Cài đặt và Nhập gói.Pycharm sẽ thực hiện cả hai: Bạn sẽ thấy một thông báo trong quá trình cài đặt, sau đó nhập sẽ được tạo theo cách đúng đắn, theo phong cách dự án của bạn. . PyCharm will do both: you'll see a notification during the installation, then the import will be generated in the right way, according to your project styles.

Biopython có phải là một gói không?

Gói Biopython là phần mềm nguồn mở được cung cấp theo các điều khoản hào phóng. made available under generous terms.

Làm cách nào để cài đặt mô -đun sinh học trong Python?

Hướng dẫn cài đặt..
PIP Cài đặt Biopython ..
PIP Cài đặt Biopython -nâng cấp ..
Pip gỡ cài đặt Biopython ..
Python -M Đảm bảoPip ..
Python3.6 -M PIP Cài đặt Biopython Pypy -M PIP Cài đặt Biopython ..
C: \ python36 \ script \ pip install Biopython ..
xcode-select-install ..
python setup.py build python setup.py kiểm tra python setup.py Cài đặt ..