Hướng dẫn python bioinformatics examples - ví dụ về tin sinh học trăn
|
Bỏ qua nội dung chính Show
Nội dung chính
Nội phân chính
Làm chủ Python cho tin sinh học: Cách viết linh hoạt, được ghi lại, mã Python đã được thử nghiệm để nghiên cứu điện toán: Youens-Clark, Ken: 9781098100889: Amazon.com: Sách 978-1098100889 Sách 1098100883 — Máy tính & Công nghệ Lập trình 978-1098100889 ISBN-13: 978-1098100889 1098100883 ISBN-10: 1098100883 Tại sao ISBN lại quan trọng? ISBN Số mã vạch này cho phép bạn xác minh rằng bạn nhận được chính xác phiên bản hoặc phiên bản của một cuốn sách. Các định dạng 13 chữ số và 10 chữ số đều hoạt động.Use the Amazon App to scan ISBNs and compare prices. Quét một ISBN bằng điện thoại của bạn sử dụng ứng dụng Amazon để quét ISBN và so sánh giá. Có một vấn đề đang tải các câu lạc bộ sách của bạn. Vui lòng thử lại. Tham gia hoặc tạo câu lạc bộ sáchTiny Python Projects (Manning), demonstrates not only how to write effective Python code but also how to use tests to write and refactor scientific programs. You'll learn the latest Python features and tools including linters, formatters, type checkers, and tests to create documented and tested programs. You'll also tackle 14 challenges in Rosalind, a problem-solving platform for learning bioinformatics and programming.
Khách hàng đã xem mục này cũng đã xem
Từ thương hiệu
Từ nhà xuất bảnTừ lời nói đầuChia sẻ kiến thức của các chuyên gia Nhiệm vụ của O'Reilly là thay đổi thế giới bằng cách chia sẻ kiến thức của các nhà đổi mới. Trong hơn 40 năm, chúng tôi đã truyền cảm hứng cho các công ty và cá nhân làm những việc mới (và làm chúng tốt hơn) bằng cách cung cấp các kỹ năng và sự hiểu biết cần thiết để thành công.Tiny Python Projects (Manning, 2020), where I show how to use Python data structures like strings, lists, tuples, dictionaries, sets, & named tuples. You need not be an expert in Python, but I definitely will push you to understand some advanced concepts I introduce in that book, such as types, regular expressions, and ideas about higher-order functions, along with testing and how to use tools like pylint, flake8, yapf, & pytest to check style, syntax, and correctness. Khách hàng của chúng tôi đang khao khát xây dựng những đổi mới thúc đẩy thế giới tiến lên. Và chúng tôi giúp họ làm điều đó.mypy tool to ensure the correct use of types. Bạn nên đọc cuốn sách này nếu bạn quan tâm đến nghề lập trình và nếu bạn muốn tìm hiểu cách viết các chương trình sản xuất tài liệu, xác nhận các tham số của họ, thất bại một cách duyên dáng và làm việc một cách đáng tin cậy. Kiểm tra là một kỹ năng quan trọng để hiểu mã của bạn và để xác minh tính chính xác của nó. Tôi sẽ chỉ cho bạn cách sử dụng các bài kiểm tra mà tôi đã viết cũng như cách viết bài kiểm tra cho các chương trình của bạn.
Sử dụng các thực tiễn công cụ này riêng lẻ sẽ cải thiện các chương trình của bạn, nhưng kết hợp tất cả chúng sẽ cải thiện mã của bạn theo những cách kết hợp. Cuốn sách này không phải là một cuốn sách giáo khoa về tin sinh học mỗi se. Trọng tâm là những gì Python cung cấp khiến nó phù hợp để viết các chương trình khoa học có thể tái tạo. Đó là, tôi sẽ chỉ cho bạn cách thiết kế và kiểm tra các chương trình sẽ luôn tạo ra các đầu ra giống nhau được đưa ra cùng một đầu vào. Tin sinh học được bão hòa với các chương trình viết kém, không có giấy tờ và mục tiêu của tôi là đảo ngược xu hướng này, một chương trình tại một thời điểm.reproducible. That is, I’ll show you how to design and test programs that will always produce the same outputs given the same inputs. Bioinformatics is saturated with poorly written, undocumented programs, and my goal is to reverse this trend, one program at a time. Biên tập viênKen Youens-Clark làm việc như một kỹ sư dữ liệu tại Viện Đường dẫn quan trọng, nơi ông giúp các đối tác trong ngành công nghiệp, học viện và chính phủ tìm thấy các liệu pháp điều trị bằng thuốc mới cho các bệnh từ ung thư và bệnh lao đến hàng ngàn bệnh hiếm gặp. Sự nghiệp tin sinh học của ông bắt đầu vào năm 2001 khi ông tham gia một dự án genomics thực vật tại Phòng thí nghiệm Cold Spring Harbor dưới sự chỉ đạo của Tiến sĩ Lincoln Stein, một tác giả nổi tiếng của sách và mô -đun ở Perl và là người ủng hộ sớm cho phần mềm mở, dữ liệu và khoa học. Vào năm 2014, Ken chuyển đến Tucson, AZ, để làm lập trình viên khoa học cao cấp tại Đại học Arizona, nơi ông đã hoàn thành MS về Kỹ thuật hệ thống sinh học vào năm 2019. Khi còn ở UA, Ken thích giảng dạy các kỹ năng học sinh học và sinh học và sử dụng một số ý tưởng đó Trong cuốn sách đầu tiên của mình, Tiny Python Project (Manning, 2020), sử dụng phương pháp phát triển theo hướng thử nghiệm để giảng dạy Python. Thông tin chi tiết sản phẩm
Nội dung ngắn có thể nhìn thấy, Double Tap để đọc đầy đủ nội dung. Nội dung đầy đủ có thể nhìn thấy, Double Tap để đọc nội dung ngắn gọn. VideoGiúp người khác tìm hiểu thêm về sản phẩm này bằng cách tải lên video! Tải lên video của bạn Thông tin về các Tác giảTheo dõi các tác giả để có được cập nhật phát hành mới, cộng với các khuyến nghị được cải thiện. Ken Youens-ClarkNội dung ngắn có thể nhìn thấy, Double Tap để đọc đầy đủ nội dung. Nội dung đầy đủ có thể nhìn thấy, Double Tap để đọc nội dung ngắn gọn. Video Giúp người khác tìm hiểu thêm về sản phẩm này bằng cách tải lên video!
Theo dõi các tác giả để có được cập nhật phát hành mới, cộng với các khuyến nghị được cải thiện. 0% (0%)Phản hồi khách hàng5 sao 100% 4 sao 0% (0%) Phần thứ hai (1/3 cuối cùng) của cuốn sách trình bày cách lắp ráp các chương trình thực tế liên quan đến nhiều tác vụ như phân tích các tệp văn bản, làm điều gì đó hữu ích với dữ liệu và tạo ra các đầu ra được định dạng phù hợp. Điều này cực kỳ có giá trị vì phần "giải câu đố" của tin sinh học cuối cùng có nghĩa là không có gì nếu bạn không thể triển khai giải pháp của mình như một chương trình sẽ có thể sử dụng được bởi những người khác. Trong đó, cuốn sách bao gồm một vài phụ lục về những thứ như thử nghiệm, tài liệu, v.v. Và thực sự làm tròn nó ra. Nhìn chung, nội dung có vẻ được hiệu chỉnh tốt cho những người đã có một số kinh nghiệm với công việc dòng lệnh, các khái niệm lập trình cơ bản nói chung và sự hiểu biết vững chắc về cú pháp Python, mà không cần đào tạo chính thức trong các lĩnh vực đó. Về mặt sinh học, tác giả rất ngắn gọn kể lại các khái niệm liên quan đến một mức độ đủ cho những người có sinh học/di truyền giới thiệu cấp đại học dưới vành đai của họ. Bất cứ ai có nền tảng sinh học ít hơn điều đó có lẽ nên tham gia một khóa học bồi dưỡng hoặc chuẩn bị để thực hiện một số googling tích cực. Tóm lại, tôi hy vọng bất kỳ nhà sinh học nào trong đào tạo có thể sẽ được hưởng lợi từ việc đọc cuốn sách này, và mọi nhóm tin sinh học sẽ nhận được một bản sao này cho thư viện phòng thí nghiệm của họ như một tài liệu tham khảo tiện dụng. Đó là loại sách bạn có thể làm việc thông qua bìa để trang bìa nếu bạn ở đó để học hoặc chỉ nhúng vào và ra để giúp giải quyết các vấn đề cụ thể. Được xem xét tại Hoa Kỳ vào ngày 9 tháng 7 năm 2021 Tôi thực sự rất thích làm việc thông qua các ví dụ tin sinh học được cung cấp và thấy những lợi ích của một cách tiếp cận được suy nghĩ kỹ lưỡng để phát triển phần mềm. |
