Internal transcribed spacer là gì
|
Phylip 3.61: seqboot tạo dữ liệu Bootstrap từ đầu vào input là tập tinsắp gióng cột đa trình tự có định dạng là phylip [.phy], consense tạo cây bảo tồn trong 100 cây được tạo ra từ dữ liệu Bootstrap.Quy luật như sau: 70 – 100 là tốt. 30 – 70 khó kết luận. 0 – 30 là xấu. 2.6. Cơ sở của việc sử dụng vùng ITS-rDNA trong nghiên cứu sự đa dạngdi truyền của nấm R. solani 2.6.1. Giới thiệu về vùng rDNANhững gen mã hóa rRNA được tìm thấy trong vùng rDNA. Sản phẩm của những gen này rRNA kết hợp với những phân tử protein hình thành những ribosom có chứcnăng tổng hợp protein. Do nhu cầu tổng hợp protein cao, có nhiều bản sao của gen này trong các genome khác nhau E. coli có 7 bản sao, và người có khoảng 200 bản saotrong tế bào đơn bội. Ở eukaryote, có hai tiểu đơn vị gồm một tiểu đơn vị nhỏ small subunit - SSU tổng hợp từ gen 18S và một tiểu đơn vị lớn large subunit - LSU tổnghợp từ gen 28S, 5,8S và một gen 5S, nhưng thường chỉ có gen 28S được nhắc đến như là gen tổng hợp LSU.Ribosom DNA chứa vùng 18S, ITS1 internal transcribed spacer, 5,8S một tiểu đơn vị ribosom nhỏ hơn trở thành một phần của LSU, ITS2, 28S và vùng IGS intergenicspacer. Vùng phiên mã 18S kết thúc tiểu đơn vị nhỏ SSU, trong khi 28S cộng với 5,8S và một gen 5S thêm vào từ những thành phần khác của genome hình thành tiểu đơn vị lớnLSU của ribosom RNA. Những vùng ITS được phiên mã tổng hợp từ RNA, nhưng bị cắt trước khi rRNA hồn thiện được hình thành, mặc dù chúng có thể có một chức năngtrong sự hình thành ribosom. Ở đầu 5’ của 18S và đầu 3’ của 28S, cũng có một vùng được biết đến là ETS external transcribed spacer. Toàn bộ vùng này bao gồm ETS-18S-ITS1-5,8S-ITS2-28S-ETS dài khoảng 13000 bp ở người và lặp lại 200 lần trong mỗi genome đơn bội, và hình thành tiền rRNA 45S. Giữa mỗi cassette của gen có một vùng gọi là IGSintergenic spacer. Vùng này kém bảo tồn nhất của rDNA. Vùng IGS là quan trọng bởi vì nó chứa trình tự kết thúc phiên mã của những gen rRNA.Hình 2.1 Sơ đồ vùng rDNA-ITS của nấmhttp:plantbio.berkeley.edu~brunspictsresultsits-map.GIF Những gen rRNA ở sinh vật có nhân điển hình còn được gọi là ribosomal DNAhoặc RNA được tìm thấy ở những phần đơn vị lặp lại được sắp xếp thành cặp, nằm tại vùng chromosom. Vùng này được biết đến như vùng tổ chức nhân NORs. Mỗi đơn vịlặp lại chứa một vùng phiên mã có những gen rRNAs như 18S, 5,8S, và 26S và những vùng phiên mã bên ngoài như ETS1 và ETS2 và một vùng không phiên mã NTS.Trong vùng phiên mã, ITS được tìm thấy trên gen 5,8S rRNA bao gồm ITS1 và ITS2.rDNA chứa những vùng bảo tồn 18S, 28S, 5,8S cũng như những vùng ít bảo tồn ITS và những vùng biến động hơn IGS. Những vùng này có thể được sử dụng đểphân tích sự đa dạng về di truyền và sự phát sinh lồi của sinh vật. Trình tự của vùng này cũng được sử dụng để tìm ra và xác định sự biến thiên số lượng của nhiều lồi hoặcnhóm nấm dẫn theo Nguyễn Thị Tiến Sỹ, 2005. Vùng ITS1 và ITS2 được tìm thấy giữa gen của tiểu đơn vị ribosom nhỏ 18S vàtiểu đơn vị lớn 28S chỉ ra sự biến thiên trong cùng loài. Khuếch đại vùng ITS này sau đó phân tích bằng các enzyme cắt giới hạn, được sử dụng để phân tích sự khác nhau củacác loại nấm. Vùng ITS2 khám phá sau vùng ITS1, và vùng ITS2 có tính bảo tồn cao hơn ở một vài vùng tương đồng của vùng 18S. Vùng IGS thậm chí cho thấy sự biếnđộng lớn hơn và IGS-RFLP giống với ITS-RFLP đã được sử dụng để nghiên cứu sự đa dạng di truyền trong cùng lồi.Gen rDNA 16S mã hóa một phân tử RNA hình thành tiểu đơn vị ribosom nhỏ của vi khuẩn điển hình thành phần protein của tế bào. Trình tự của gen này thích hợplà một mơ hình phổ biến để nghiên cứu sự tiến hóa và phân loại vi khuẩn. Gene rDNA được tìm thấy ở hầu hết các dạng sống ngoại trừ virus và prion. Các thành phần củatrình tự rDNA từ những sinh vật có quan hệ với nhau được đánh dấu giống nhau. Điều này có nghĩa, trình tự của những sinh vật thân cận đã được sắp xếp, làm cho những khácbiệt được dễ dàng đánh giá. Điều đó cũng có nghĩa là chỉ một vài nhóm primer PCR là cần thiết để khuếch đại gen rDNA từ bất cứ loài nấm nào. Trình tự rDNA của 16S đãđược xác định cho nhiều lồi. Chiều dài và trình tự của những vùng ITS của rDNA được cho rằng là vùng tiếnhóa nhanh nhất và vì vậy có thể rất biến đổi. Những universal primer được thiết kế từ những vùng bảo tồn nằm hai đầu vùng ITS và vùng ITS có kích thước nhỏ 600- 700bp dễ dàng được khuếch đại bởi vì số bản sao lớn lên tới 30.000 bản sao trên một tế bào Dubouzed and Shinoda, 1999 của vùng lặp lại trên rDNA. Điều này làm cho vùngITS trở thành một đề tài được quan tâm cho việc nghiên cứu về sự tiến hóa và phát sinh lồi Baldwin và ctv., 1995; Hershkovitz và ctv., 1996, 1999 cũng như những nghiêncứu về địa lý sinh vật biogeographic Baldwin, 1993; Suh và ctv., 1993; Hsiao và ctv., 1994; Dubouzed và Shinoda., 1999 dẫn theo Nguyễn Thị Tiến Sỹ, 2005. Dữ liệu vềtrình tự của vùng ITS cũng được nghiên cứu sớm hơn để đánh giá sự đa dạng di truyền ở lúa mạch Petersen và Seberg., 1996.
Có ai biết hay đã từng nghiên cứu về ADN ribosom ITS(internal transcribed spacer), thì cho em biết được không ạ? Em đang tìm hiểu và muốn có nhiều tài liệu nói về phần này (tiếng việt thì càng tốt cho dễ hiểu)
Em cảm ơn anh ạ, vậy anh có thể cho em xem 1 số tài liệu anh làm về vùng này hoặc bài báo (luận văn, luận văn mà anh có sử dụng vùng này để chứng minh identity của các isolates) được không ạ?
Bạn đọc hai bài này. Ở lab tôi nó chỉ là một công cụ bình thường để kiểm tra hoặc khẳng định isolate đó là cái giống với một cái nào đó thôi. Dạng như 16S ở vi khuẩn. Page 2
Oct 11, 2021
Jul 26, 2021
Nov 14, 2020
Oct 14, 2020
Oct 14, 2020
Sep 13, 2020
May 1, 2020
Aug 11, 2019 Page 3
Jan 8, 2017
Jan 3, 2017
Dec 21, 2016
Nov 30, 2016
Page 4
Oct 8, 2016
Aug 20, 2016
Aug 17, 2016
Aug 3, 2016
May 31, 2016
May 8, 2016
Mar 12, 2016
Mar 11, 2016
Page 5
Dec 13, 2015
Oct 23, 2015
Sep 2, 2015
Jul 12, 2015
Jul 12, 2015
Feb 10, 2015
Jan 30, 2015
Jan 13, 2015
Page 6
Jan 6, 2015
Nov 23, 2014
Nov 23, 2014
Oct 26, 2014
Oct 15, 2014
Aug 10, 2014
Page 7
Aug 22, 2013
Jul 27, 2013
May 24, 2013
Oct 23, 2012
Page 8
Sep 2, 2012
Aug 25, 2012
Aug 9, 2012
Aug 9, 2012
Jul 10, 2012
May 18, 2012 Page 9
May 6, 2012
Apr 30, 2012
Apr 15, 2012
Apr 13, 2012
Apr 9, 2012
Mar 31, 2012
Mar 31, 2012
Mar 31, 2012
Mar 30, 2012
Mar 30, 2012
Mar 29, 2012
Mar 16, 2012
Mar 11, 2012
Mar 5, 2012
Page 10
Jan 25, 2012
Jul 23, 2011
Jun 27, 2011
Jun 27, 2011
Jun 20, 2011
Jun 7, 2011
Jun 7, 2011 Page 11
Apr 17, 2011
Mar 16, 2011
Oct 13, 2010
Sep 17, 2010
Apr 17, 2010 Page 12
Mar 20, 2010
Mar 9, 2010
Mar 1, 2010
Nov 12, 2008
Jan 28, 2007 |
